В результате «войны за ливонское наследство» 1558–1561 годов в Прибалтике возникла новая геополитическая реальность. Исчез Немецкий орден, с ХIII века господствовавший в регионе. Это было средневековое государство, основанное на союзе креста и меча, католических епископств и духовно-рыцарской корпорации. В нем постепенно все большую роль начинали играть города и торговые корпорации.
Непрочная конфедерация Ливония легко распалась на части. Показательно, что о единстве Ливонии вопрос даже не поднимался, каждый ландсгерр и город спасались в одиночку. Новые территориальные единицы образовывались по принципу: «Отдаю суверенитет и принимаю чужое подданство в обмен на военную защиту». Для Средневековья это была привычная формула. Карликовые суверены теряли независимость и переходили под сюзеренитет более сильных монархов.
Раздел Ливонии с исторической точки зрения не нес ничего необычного для самой Ливонии. Однако для стран, участвовавших в этом процессе, новации были, и значительные. Россия впервые присоединяла инокультурные территории Европы. У нее был опыт захвата восточных земель Великого княжества Литовского, которые в конце ХV — начале ХVI века не отличались принципиально от русских территорий: те же православные церкви, деревянная архитектура, городская планировка, почти тот же язык. Чужими были земли завоеванных Казанского и Астраханского ханств, но с ними обошлись как с пустующими — население покорили, пространства колонизировали.
С Ливонией так нельзя было поступить: русские оказались в непривычном для них мире каменных замков и городов, кирх и морских портов, среди немецкоязычного населения. Есть свидетельства, что они неуютно чувствовали себя в каменных домах и делали к ним деревянные пристройки для размещения своих гарнизонов. Нельзя было истребить все местное население и заселить Ливонию русскими. Следовало придумать новую формулу присоединения. Идея, что Ливония есть исконная вотчина Рюриковичей, могла устраивать Ивана Грозного, но мало объясняла, что конкретно делать русским воеводам в захваченных городах и замках. Алгоритм действий предстояло выработать, если Москва хотела прочно утвердиться в Ливонии. Поиск новых принципов государственной политики заставлял делать первые, неуверенные шаги по строительству Российской империи.
Для Швеции захват плацдарма в Эстонии был первым шагом за Балтийское море, на земли Центрально-Восточной Европы. Этот вектор, по которому будет следовать Швеция ближайшие полтора столетия, приведет ее к превращению в сильнейшую балтийскую державу. В историографии период после 1561 года обозначается как «шведское великодержавие» (stormaktstiden). Иногда употребляется также термин «Шведская империя», хотя исторически он не точен (в Швеции никогда не было императора).
Для Польши захват Прибалтики также стал важным событием. Поражение Ягеллонов при Мохаче от турок в 1526 году с лихвой компенсировалось покорением Пруссии и Ливонии. Тяготы противостояния с Россией принимало на себя Великое княжество Литовское, в Польше они ощущались слабо. Было сладко принимать в подданство сначала Альбрехта Бранденбургского, а затем и Г. Кеттлера, из магистра Немецкого ордена превратившегося в заурядного и во всем зависимого герцога Курляндского. Польша была на пути перерождения в Речь Посполитую — государственное образование, которое сумело объединить в рамках единой державы разные народы.
Таким образом, гибель маленькой Ливонии запустила сложные процессы трансформации восточноевропейских государств.